Langkah-langkah Analisis Data Binomial Menggunakan Program NTSYS 2.0

NTSYSpc 2.0 (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysys Systems), Pembuatan Dendogram Pohon Kekerabatan bagi Data Binomial (Data 1-0).

NTSYS merupakan program yang dibuat untuk melakukan analisis kekerabatan. Program ini dapat digunakan untuk melihat Hubungan kekerabatan antara beberapa sampel (spesies) dengan melihat muncul-tidaknya suatu parameter/faktor fisik pada masing-masing sampel. Dalam biologi molekuler, data binomial digunakan dalam RAPD dan juga AFLP. Ada-tidaknya pita dalam masing-masing parameter bisa dikategorikan sebagai data binomial. Dimulai dengan memasukkan data jumlah sampel dan data faktor fisik ke dalam metode numerik, melakukan analisis similaritas/dissimilaritas, lalu melakukan pengelompokan data untuk membuat dendogram.

KUORUM SENSING

Peristiwa ini mula-mula diketahui melalui studi terhadap regulasi perpendaran pada spesies Vibrio yang terdapat di laut. Spesies ini mampu hidup dalam dua siklus hidup yang terpisah, sebagai bakteri yang hidup bebas di lautan atau sebagai bakteri komensal yang hidup bersama ikan dan cumi-cumi. Mereka tinggal dan menyediakan bagian yang berpendar pada organ ikan dan cumi-cumi.

Dalam suatu lingkungan yang sama, banyak prokariot bereaksi terhadap kehadiran sel-sel lain dari spesies mereka sendiri. Beberapa prokariot mempunyai sistem/jalur pengaturan (regulatory pathways) yang dikendalikan oleh kepadatan sel-sel mereka sendiri. Ini disebut sebagai kuorum sensing. Istilah “kuorum” mengacu kepada kecukupan jumlah mereka di dalam satu lingkungan.

Mekanisme Kuorum sensing

PEWARNAAN DIFERENSIAL: PEWARNAAN GRAM

Latar Belakang Pewarnaan Gram

Pewarnaan diferensial merupakan metode pewarnaan yang membedakan macam sel melalui perbedaan warna. Prosedur pewarnaan diferensial yang digunakan di dalam pewarnaan bakteri adalah Pewarnaan Gram.

Pewarnaan Gram dikembangkan oleh Christian Gram pada tahun 1884 dan dimodifikasi oleh Hucker pada tahun 1921. Pewarnaan Gram memisahkan bakteri ke dalam dua kelompok:

(1) Bakteri gram positif yang mempertahankan zat warna utama (kristal violet) dan

(2) Bakteri gram negatif yang menyerap warna dari counterstain/pewarna penutup (biasanya safranin O).

BAKTERIOFAGE

Bakteriofage

Virus yang menyerang bakteri diamati oleh Twort dan d'Herelle pada tahun 1915 dan 1917. Mereka mengamati bahwa bakteri usus tertentu dalam kultur cair dapat dibubarkan dengan penambahan filtrat bebas bakter yang diperoleh dari limbah. Lisis sel-sel bakteri dikatakan dibawa oleh virus yang dikatakan sebagai " filterable poison" ("virus" adalah bahasa Latin untuk "racun").

Istilah bakteriofage berasal dari kata “bacteria” yaitu bakteri dan "phagein" yang berarti "makan" atau "menggigit". Sebagian besar penelitian dilakukan pada fage yang menyerang E. coli, terutama fage-T dan fage lamda.

Seperti kebanyakan virus, bakteriofage biasanya hanya membawa informasi genetik yang diperlukan untuk replikasi asam nukleat dan sintesis protein mantel mereka. Ketika fage menginfeksi sel inang mereka, pekerjaan yang dilakukannya adalah untuk meniru asam nukleat dan untuk menghasilkan selubung protein pelindung mereka. Namun,  mereka tidak bisa melakukannya sendirian. Mereka membutuhkan prekursor, pembangkit energi dan ribosom yang dipasok oleh sel inang bakteri mereka.

Sel bakteri dapat mengalami salah satu dari dua jenis infeksi oleh virus, yaitu infeksi litik dan infeksi lisogenik. Pada E. coli, infeksi litik disebabkan oleh fage kelompok ketujuh yang dikenal sebagai fage- T, sementara infeksi lisogenik disebabkan oleh fage lamda.