Langkah-langkah Analisis Data Binomial Menggunakan Program NTSYS 2.0

NTSYSpc 2.0 (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysys Systems), Pembuatan Dendogram Pohon Kekerabatan bagi Data Binomial (Data 1-0).

NTSYS merupakan program yang dibuat untuk melakukan analisis kekerabatan. Program ini dapat digunakan untuk melihat Hubungan kekerabatan antara beberapa sampel (spesies) dengan melihat muncul-tidaknya suatu parameter/faktor fisik pada masing-masing sampel. Dalam biologi molekuler, data binomial digunakan dalam RAPD dan juga AFLP. Ada-tidaknya pita dalam masing-masing parameter bisa dikategorikan sebagai data binomial. Dimulai dengan memasukkan data jumlah sampel dan data faktor fisik ke dalam metode numerik, melakukan analisis similaritas/dissimilaritas, lalu melakukan pengelompokan data untuk membuat dendogram.

Sistem ini menggunakan empat konsep dasar, yaitu :

A. memasukkan dan menyimpan data pada ntedit.exe tables,

B. membuat similaritas/dissimilaritas interval data untuk membuat matriks,

C. membuat analisis cluster (kelompok) dengan SAHN (Sequential Agglomerative Hierarchycal Nested Cluster Analysis), dan

D. membuat dendogram (Rohlf, 1998).

Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut:

1. Buka program Ms Excel. Data dibuat dalam format Ms Excel 1997-2003 (.xls).

• Pada kolom A1 diketikkan angka 1, artinya data ini merupakan 1 matriks --> 1 dendogram.
• Pada kolom B1 diketikkan jumlah seluruh parameter yang diujikan ke sampel.
• Pada kolom C1 diketikkan jumlah seluruh sampel.
• Kolom A2 dibiarkan kosong.
• Kolom A3 dst. ke bawah diketikkan nama parameter yang diujikan (contoh: kolom A3diketikkan parameter1, kolom A4 diketikkan parameter2 dst.).
• Kolom B2 dst. ke kana diketikkan identitas sampel (contoh: kolom B2 diketikkan sampel1, kolom B3 diketikkan sampel2, dst.).
• Kolom B3, diketikkan angka 0 jika parameter1 pada sampel1 tidak muncul. Jika parameter1 muncul pada sampel1 maka diketikkan angka1, dst. hingga parameter terakhir pada sampel terakhir.
• Simpan file dalam Ms Excel 1997-2003 (.xls).

2. Buka NTEDIT.exe, buka file Ms Excel 1997-2003 (.xls) tadi dengan cara:

•  Klik "File", lalu "import excel", lalu "using OLE". Akan muncul jendela yang menanyakan apakah kita akan menulis ulang matriks yang kosong ("Overwrite empty matrix?").
• Klik "Yes". Cari file Ms Excel 1997-2003 (.xls) yang tadi disimpan. Maka NTEDIT akan terisi otomatis dengan data yang kita masukkan di Ms Excel tadi.
• Simpan data dalam .NTS dengan mengklik "File" lalu "save file as". Tulis nama file.
• Tutup NTEDIT.

3 Buka NTSYS.exe.

-Klik "Similarity". (Kata "Similarity" akan terlihat lebih tebal jika sudah diklik).

• Klik "SimQual". SimQual berarti kita akan menganalisis similaritas/dissimilaritas bagi data kualitatif kita.
• Keluar tampilan SimQual. Pada sebelah kanan baris "Input File" klik 2 kali, lalu pilih data .NTS sebelumnya.
• Kolom sebelah kanan baris "By rows" dibiarkan saja.
• Kolom sebelah kanan baris "Coefficient" ada tulisan SM, artinya similaritas dibuat menggunakan koefisien "simple matrix", bisa juga memilih koefisien yang lain.
• Kolom sebelah kanan baris "Output file" diketikkan nama output file kita. Disarankan mencantumkan nama "simQual" dan koefisien yang dipilih (contoh: SimQual SM for data) untuk memudahkan dalam mengingat isi file.
• Kolom sebelah kanan baris "Positive Code" dan "Negative Code" dibiarkan saja.
• Klik "Compute". Jika similaritas sudah selesai, akan muncul tampilan "report listing". Tutup tampilan "SimQual" dan "report listing".
• Untuk memastikan, cari tempat file yang kita simpan.

- Kembali lagi ke tampilan awal NTSYS. Klik "Clustering". Artinya kita akan mulai mengelompokkan data kita.

• Klik "SAHN". --> Sequential Agglomerative Hierarical Nested Cluster Analysis.
• Keluar tampilan "SAHN". Pada sebelah kanan baris "Input File" klik 2 kali, lalu pilih data .NTS yang sudah diSimQual sebelumnya.
• Pada sebelah kanan baris "Output tree file" diketikkan nama output file kita. Disarankan mencantumkan nama "SAHN" dan Clustering method yang dipilih (contoh: SimQual SM SAHN SINGLE FIND for data).
• Pilih Clustering method. Contoh, pilih "SINGLE".
• Pada sebelah kanan baris "In case of ties", pilih FIND. Artinya Jika pada proses clustering ini menemukan simpul, maka akan dicari.
• Pada sebelah kanan baris "Maximum no. tied trees" ketikkan kemungkinan jumlah simpul maksimum. Disarankan ketik jumlah yang lebih banyak atau sama dengan jumlah sampel kita.
• Sebelah kanan baris "Tie tolerance" dan "Beta" dibiarkan saja.
• Klik "Compute".
• Klik gambar dendogram (berwarna merah) di pojok kiri bawah, maka akan muncul dendogramnya.
• Pada tampilan dendogram dapat dilakukan penambahan Judul, pengeditan huruf, dan garis dendogram. Caranya, klik "Options".
• Setelah selesai mengedit, klik "File", klik "save metafile". Tulis nama file dendogram kita.

Silahkan unduh PDFnya disini.

Semoga bermanfaat.

Source: Rohlf, F.J. 1998. NTSYSpc:Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System Version 2.0 User Guide. Applied Biostatistics Inc. Silahkan unduh panduan NTSYSpc 2.0 disini.

Semua link sudah diperbarui per Juni 2023

http://infomikrobiologi.blogspot.com